1. 别构效应
别构效应，是指某种不直接涉及蛋白质活性的物质，通过与蛋白质活性位点以外的其他位点（别构位点）相结合，从而引起蛋白质分子的构象变化并导致蛋白质活性改变的现象。别构效应作为蛋白质不同口袋之间进行通信的一种基本过程，是一种有效且普遍存在的功能活性调控机制。本课题组以别构效应为研究对象，一方面在计算领域不断开发各种别构口袋探测算法，旨在阐明生物大分子的别构调节和别构通信机制；另一方面，在生物实验领域，我们将利用化学生物学方法来探索别构口袋，并进一步寻找别构调节剂。
2. 药物发现
药物发现是指发现新的候选药物从而开发新的疾病治疗方案的过程。通过合理的药物设计(虚拟筛选，药效团，定量构效关系和分子动力学模拟等)，化学修饰和结晶, 并进行生物学评估, 我们已经针对不同靶标发现一系列先导化合物，其中靶标包括APC、PRDX1、PI3K、SENP1、STAT3、GPR40、GSK3和GK等.
3. 靶标识别
在学术和制药领域的研究中，如何识别活性小分子和相应的靶标是一个非常重要的步骤。本课题组开发了一系列计算生物学算法，并已实现成网络平台提供在线服务，可以预测不同领域的小分子活性并识别其潜在靶标，如气味分子预测工具ODORactor，基于序列的蛋白-蛋白相互作用预测工具SPPS，以及苦味分子预测工具BitterX等。
